Une épidémie d’infection à Mycobacterium marinum associée à la manipulation de bars en Chine
Mycobacterium marinum est une mycobactérie non tuberculeuse pouvant causer des infections opportunistes chez l’homme, allant d’une lésion cutanée unique à une maladie disséminée. Identifié pour la première fois chez un poisson en 1926, il a été reconnu comme agent pathogène humain en 1951. L’incidence annuelle estimée varie entre 0,04 et 0,27 cas pour 100 000 personnes dans différents pays. Les épidémies d’infections à M. marinum liées à la manipulation de poissons sont rares mais ont été documentées.
Le 20 décembre 2019, un dermatologue de Shouguang, dans la province du Shandong, en Chine, a signalé sept patients présentant des plaques et nodules chroniques similaires sur les mains et les avant-bras, avec un historique commun de blessures lors de la manipulation de poissons, via le système de surveillance des infections à l’Institut provincial de dermatologie et de vénéréologie du Shandong (SPIDV). Une épidémie d’infections à M. marinum a été suspectée en raison de l’histoire de blessures par des épines de bar et de la présentation clinique. Ainsi, le 23 décembre 2019, des investigateurs du SPIDV se sont rendus à l’hôpital local de Shangkou, Shouguang, pour identifier des cas supplémentaires et examiner l’agent étiologique responsable.
Quatre entretiens ont été menés entre décembre 2019 et avril 2020. Pour déterminer l’étendue de l’épidémie, tous les médecins ruraux des 65 villages de Shangkou ont été informés d’une éventuelle épidémie d’infection mycobactérienne. Ils ont été invités à conseiller aux personnes ayant été blessées ou ayant manipulé du poisson avec une plaie ouverte de se rendre à l’hôpital de Shangkou. Les individus présentant des infections cutanées ou des tissus mous (SSTIs) caractérisées par des plaques, des nodules sous-cutanés, des ulcères ou des lésions profondes des tendons, synoviales et articulations ont été interrogés. Avec l’approbation du comité d’éthique du SPIDV (n° 20191221KYKTKS001) et le consentement éclairé écrit de chaque patient, les données démographiques, cliniques et des échantillons cutanés ont été collectés. Le détaillant ayant vendu les poissons aux villageois a également été interrogé, et des poissons suspectés de contamination ainsi que des poissons similaires provenant de six marchés différents de Shouguang ont été collectés. Les analyses de laboratoire incluaient l’histopathologie, la coloration des bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR), les cultures, la PCR quantitative (qPCR) et le séquençage du génome entier (WGS).
Au total, 217 patients présentant des SSTIs ont été interrogés et documentés. Parmi eux, 80 % (173 patients) étaient des femmes, avec un âge médian de 57 ans (plage : 26–82 ans). Sur 180 échantillons, 161 (89 %) présentaient des granulomes infectieux, et 62 (34 %) étaient positifs à la coloration BAAR. De plus, 149 (83 %) des 179 échantillons testés étaient positifs à la qPCR pour les mycobactéries, et 64 (36 %) des cultures étaient positives. Selon les critères diagnostiques, 157 cas confirmés, 56 probables et 4 suspects ont été identifiés.
Les entretiens ont révélé que les 217 patients avaient acheté du bar auprès du même détaillant à Shangkou en août 2019. Parmi eux, 212 (98 %) se souvenaient avoir été piqués par des épines de bar ou avoir manipulé du bar entier avec une plaie ouverte. L’apparition des symptômes chez 212 patients (98 %) s’est produite entre août 2019 et mars 2020, avec un pic de 35 % (75 patients) en octobre 2019. La durée médiane de la période d’incubation était de 10 jours (plage : 0–140 jours).
Le détaillant de poissons a déclaré avoir acheté 2854,5 kg de bar auprès d’un navire de pêche de Yangkou, Shouguang, qui avait capturé les poissons dans la mer de Bohai. Tous les bars ont été vendus aux villageois de Shangkou pour la Fête de la mi-automne 2019. Nous avons examiné 14 bars suspectés de contamination fournis par les patients et six poissons achetés sur les marchés. Aucune lésion n’a été observée sur la surface corporelle ou dans les organes internes. Cependant, ils étaient significativement plus courts et plus minces que les poissons témoins sains, et les branchies des 14 bars étaient kaki, tandis que celles des témoins étaient rouge vif. Douze (86 %) des poissons obtenus auprès des patients étaient positifs à la qPCR pour M. marinum et six (43 %) étaient positifs en culture. L’eau de la mer de Bohai, la glace du réfrigérateur du magasin de poissons et les six poissons témoins étaient exempts de M. marinum selon les analyses de qPCR et de culture.
Le WGS et l’analyse de l’identité nucléotidique moyenne ont été réalisés sur 71 isolats (57 provenant de patients de cette épidémie, deux de patients sporadiques non liés et 12 provenant de six poissons infectés) et neuf souches publiées, y compris la souche HL1506 isolée de bars d’élevage en Chine. Nous avons identifié que tous les isolats pouvaient être classés en trois clusters. Le cluster 1 comprenait cinq sous-espèces de type « Aronson » et trois de type « M », isolées aux États-Unis, en Europe et en Israël. Le cluster 2 contenait 54 isolats provenant des patients de cette épidémie, deux de patients sporadiques non liés, cinq de poissons infectés et la souche HL1506. Le cluster 3 ne contenait que trois isolats provenant de patients et sept de poissons. Le résultat du blast en ligne via la base de données EzBioCloud a confirmé que tous les isolats étaient M. marinum.
Pour analyser davantage la similarité génétique entre les isolats, une analyse des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) a été réalisée. Selon les méthodes établies pour la comparaison des SNP, tous les isolats du cluster 3 étaient de la même souche. En revanche, les isolats du cluster 2 provenaient de 22 souches, et l’isolat SG_097_Human et l’isolat de référence HL1506 étaient de la même souche. Quatre souches (SG01, SG02, SG03 et SG04) étaient partagées entre les patients et leurs poissons, fournissant une preuve solide de la transmission du bar aux patients.
M. marinum a été initialement reconnu chez l’homme comme cause de granulome des piscines en raison d’infections chez les nageurs. Avec le développement rapide de l’aquaculture et de l’industrie des poissons d’ornement, le risque d’infections liées à la manipulation de poissons a augmenté. Deux épidémies impliquant respectivement 18 et 98 patients ont été rapportées au cours des deux dernières décennies. Cependant, les poissons responsables de ces épidémies n’ont pas été identifiés ou étudiés.
Notre étude a identifié une épidémie polyclonale d’infections à M. marinum impliquant 217 patients en Chine. L’intégration des données de WGS avec les investigations épidémiologiques ciblées a confirmé la transmission du bar aux patients. Cependant, le nombre total de patients dans cette épidémie pourrait être sous-estimé en raison d’individus présentant des infections asymptomatiques ou légères.
Nos résultats ont des implications pour les réponses cliniques et de santé publique aux épidémies, ainsi que pour la prévention et la gestion des infections à M. marinum. Les individus devraient porter des gants résistants aux perforations ou éviter de manipuler des produits de la mer avec une plaie ouverte.
doi.org/10.1097/CM9.0000000000002078