Les patients avec un test respiratoire positif doivent être identifiés parmi ceux atteints du syndrome de l’intestin irritable : un essai clinique basé sur la microbiomique et la sensibilité à la rifaximine
Le syndrome de l’intestin irritable (SII) est un trouble fonctionnel gastro-intestinal avec une prévalence mondiale élevée, caractérisé par des symptômes tels que des douleurs abdominales, des malaises, de la diarrhée, des ballonnements et des flatulences. La prolifération bactérienne dans l’intestin grêle (SIBO) est une condition qui se chevauche souvent avec le SII, en particulier le sous-type à prédominance diarrhéique (SII-D). Le test respiratoire à l’hydrogène et au méthane (BT) est un outil de diagnostic non invasif et efficace pour le SIBO, avec des études montrant un taux de BT positif de ≥35,5% chez les patients atteints de SII. Cependant, distinguer entre le SII et le SIBO sur la base des seuls symptômes cliniques est difficile en raison de leurs profils symptomatiques qui se chevauchent. La rifaximine, un antibiotique oral à large spectre, a montré une efficacité dans le traitement du SII, en particulier chez les patients atteints de SIBO. Cette étude visait à explorer les différences microbiennes entre les patients atteints de SII-D avec et sans SIBO et à étudier les mécanismes sous-jacents de la sensibilité à la rifaximine.
L’étude a inclus 176 sujets, dont 49 témoins sains (HC) et 127 patients atteints de SII-D. Parmi les patients atteints de SII-D, 51 étaient BT positifs (groupe IBSP) et 76 étaient BT négatifs (groupe IBSN). Le taux de BT positif chez les patients atteints de SII-D était de 40%. L’indice de masse corporelle (IMC) dans le groupe IBSP était significativement plus faible que dans le groupe IBSN. L’analyse diététique a révélé que plus de sujets dans le groupe IBSP suivaient un régime riche en graisses par rapport au groupe IBSN, contribuant à un ratio graisse/énergie plus élevé.
Les symptômes cliniques ont été évalués à l’aide de l’échelle de gravité des symptômes du SII (IBS-SSS) et de l’échelle d’évaluation des symptômes gastro-intestinaux (GSRS). Les groupes IBSN et IBSP ont montré des scores significativement plus élevés pour les douleurs abdominales, la diarrhée et les ballonnements par rapport au groupe HC. Cependant, aucune différence significative n’a été observée entre les groupes IBSN et IBSP en termes de gravité des symptômes. Les scores de l’échelle de Bristol (BSF) indiquaient des selles aqueuses dans les groupes IBSN et IBSP. L’hypersensibilité viscérale, évaluée par le test de distension colorectale (CRD), a été observée dans les groupes IBSN et IBSP par rapport au groupe HC, mais il n’y avait pas de différence significative entre les deux groupes SII.
Les marqueurs de l’inflammation ont également été évalués. Le groupe IBSN présentait une inflammation systémique de faible grade, avec des niveaux élevés d’interleukine-12 (IL12) dans les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) et les tissus du côlon. Le ratio d’interleukine-10 (IL12) à IL10 dans le sérum était diminué dans le groupe IBSN, indiquant un état pro-inflammatoire. En revanche, le groupe IBSP montrait des niveaux élevés d’IL12 dans l’iléon mais pas dans le côlon ou de manière systémique. La protéine de jonction serrée ZO1, associée à la fonction de barrière intestinale, était significativement réduite dans l’iléon et le côlon des groupes IBSN et IBSP par rapport au groupe HC. Les comptes de mastocytes étaient plus élevés dans l’iléon et le côlon des deux groupes SII par rapport au groupe HC.
L’analyse du microbiote intestinal a révélé des différences significatives entre les groupes IBSN, IBSP et HC. Le groupe IBSP avait l’abondance microbienne la plus élevée, avec l’indice de Shannon le plus élevé et l’indice de Simpson le plus bas. Le phylum Proteobacteria était significativement enrichi dans le groupe IBSN, tandis que Tenericutes était enrichi dans le groupe IBSP. Au niveau de la famille, Enterobacteriaceae, Enterococcaceae et Lachnospiraceae étaient augmentées dans le groupe IBSN, tandis que Synergistaceae était augmentée dans le groupe IBSP. Au niveau du genre, les genres enrichis dans le groupe IBSN comprenaient Escherichia-Shigella, Blautia, Klebsiella, Enterococcus, Citrobacter, Enterobacter et Cronobacter, tandis que les genres enrichis dans le groupe IBSP comprenaient Blautia, Prevotella_2, Lachnospiraceae NC2004 group, Cronobacter et Romboutsia.
L’analyse fonctionnelle utilisant la Reconstruction Phylogénétique des Communautés par États Non Observés (PICRUSt) a prédit des différences significatives dans les fonctions microbiennes entre les groupes. Le groupe IBSN montrait un enrichissement dans les voies liées aux maladies infectieuses, au métabolisme énergétique, au transport membranaire, au métabolisme des lipides et au métabolisme des cofacteurs et vitamines. La voie de l’invasion bactérienne des cellules épithéliales était significativement augmentée dans le groupe IBSN par rapport aux groupes HC et IBSP. Les protéines de biosynthèse du lipopolysaccharide (LPS) et la dégradation du géraniol étaient significativement diminuées dans le groupe IBSP par rapport au groupe HC.
Les réseaux d’interaction microbienne ont révélé que le groupe HC avait des interactions microbiennes plus complexes par rapport aux groupes IBSN et IBSP. Dans les groupes IBSN et IBSP, les interactions microbiennes étaient moins actives et limitées à des familles spécifiques. L’analyse de corrélation a montré que les genres enrichis dans le groupe IBSN, en particulier Enterobacteriaceae, étaient positivement corrélés avec les niveaux d’IL12 et les scores IBS-SSS et GSRS, tandis qu’ils étaient négativement corrélés avec la tolérance CRD.
La thérapie à la rifaximine a été administrée à 15 patients IBSN et 24 patients IBSP pendant quatre semaines. Les symptômes cliniques se sont améliorés à des degrés divers dans le groupe IBSP, avec des réductions significatives des douleurs abdominales, de l’insatisfaction concernant les selles, des perturbations de la vie et des scores BSF. En revanche, seuls les scores de douleurs abdominales se sont améliorés de manière significative dans le groupe IBSN. L’analyse microbienne post-traitement a montré une diminution de la diversité alpha dans les deux groupes. Le groupe IBSP a montré des diminutions significatives de Romboutsia et Cronobacter et des augmentations d’Alteromonas, Dyella, Gordonibacter, Butyricimonas et Parabacteroides. En revanche, les genres enrichis dans le groupe IBSN tels que Escherichia-Shigella, Cronobacter et Enterococcus n’ont pas changé de manière significative après la thérapie.
L’étude a conclu que les patients atteints de SII-D avec SIBO (IBSP) ont des profils distincts de microbiote intestinal et d’inflammation par rapport à ceux sans SIBO (IBSN). La meilleure réponse à la rifaximine chez les patients IBSP peut être due à la réduction des bactéries nocives comme Cronobacter et à l’enrichissement de bactéries bénéfiques comme Butyricimonas. En revanche, l’absence de changements significatifs dans les genres enrichis dans le groupe IBSN après la thérapie à la rifaximine peut expliquer la mauvaise réponse chez ces patients. Les résultats soulignent l’importance d’utiliser le BT pour identifier le SIBO chez les patients atteints de SII-D avant d’initier une thérapie à la rifaximine pour une médecine de précision.
doi.org/10.1097/CM9.0000000000002294