Transplantation de microbiote lavé pour le traitement d’une infection fongique récurrente chez un patient atteint de colite ulcéreuse
La colite ulcéreuse (CU), maladie inflammatoire chronique de l’intestin (MICI), nécessite souvent des thérapies immunosuppressives au long cours, exposant les patients à des infections opportunistes, dont les mycoses invasives. La prise en charge de ces complications est complexe, car l’utilisation prolongée d’antifongiques perturbe l’équilibre microbien, aggrave la dysbiose et peut exacerber la colite. Ce rapport de cas décrit l’application réussie d’une transplantation de microbiote lavé (TML), une méthodologie avancée de fécalothérapie microbienne (FMT), associée à une immunosuppression, pour traiter une infection récurrente à Candida glabrata chez un patient présentant une CU réfractaire, illustrant l’interaction entre le mycobiote intestinal, l’immunité de l’hôte et l’innovation thérapeutique.
Antécédents du patient et défis cliniques
Un homme de 31 ans, suivi pour une CU et un psoriasis évoluant depuis 20 ans (diagnostiqués en 2007), était traité par acide 5-aminosalicylique, corticostéroïdes et anticorps anti-TNF, avec une réponse transitoire. Une dépendance aux stéroïdes et une résistance secondaire aux anti-TNF se sont développées. En mars 2018, la ciclosporine a été initiée pour contrôler une aggravation de la CU et un psoriasis pustuleux, apportant une amélioration temporaire. En juillet 2018, une rechute sévère est survenue, avec diarrhée (10–15 épisodes/jour) et détection de biomarqueurs fongiques (glucane et galactomannane) dans les selles. Malgré des antifongiques prolongés (itraconazole intraveineux/oral pendant 5 mois, fluconazole pendant 6 mois, voriconazole pendant 1 mois), C. glabrata persistait dans les hémocultures et coprocultures, compliqué d’un choc septique et d’une hépatotoxicité médicamenteuse.
Bilan à l’admission et complexité diagnostique
À son transfert, les analyses révélaient une inflammation systémique : leucocytose (16,5 × 10⁹/L), neutrophilie (89,5 %), élévation de la protéine C-réactive (20,7 mg/L) et de la vitesse de sédimentation (22 mm/h). Une insuffisance corticotrope était objectivée par un cortisol plasmatique effondré (<3 µg/mL). Les coprocultures confirmaient C. glabrata, sans présence de Clostridium difficile ou de pathogènes bactériens. La coloscopie montrait une pancolite (score de Mayo = 11) avec érythème, ulcérations et saignements spontanés. Les comorbidités incluaient une ostéonécrose fémorale, une ostéoporose, une insuffisance surrénale, une thyroïdite de Hashimoto et une malnutrition, limitant les options thérapeutiques.
Intervention par transplantation de microbiote lavé (TML)
La TML, technique de FMT optimisée par purification automatisée pour réduire les risques infectieux et améliorer la reproductibilité, a été choisie pour restaurer l’homéostasie microbienne et contrer la prolifération fongique. Le protocole suivait les recommandations 2019 du Fecal Microbiota-standardization Study Group. Cinq unités de microbiote lavé, provenant d’un donneur sélectionné via la fmtBank chinoise, ont été administrées par sonde nasojéjunale, associées à une nutrition entérale. En une semaine, les marqueurs inflammatoires (CRP, VS) se sont normalisés et les cultures fongiques sont devenues négatives. Toutefois, la fréquence des selles restait élevée (10–15/jour), conduisant à une stratégie « d’escalade » incluant la ciclosporine.
Intégration de l’immunosuppression et rémission durable
La ciclosporine a été réintroduite post-TML pour moduler l’inflammation immunomédiée, conformément aux stratégies d’escalade associant FMT et immunosuppresseurs dans les MICI réfractaires. En deux semaines, la fréquence des selles a diminué à 2/jour, avec normalisation persistante des marqueurs inflammatoires. Le thalidomide, utilisé pour ses propriétés anti-TNF et cicatrisantes, a été maintenu à la sortie pour consolider la rémission. Les suivis à 3 et 6 mois ont confirmé l’éradication de C. glabrata, la restauration de la fonction hépatique et une amélioration de la qualité de vie.
Mécanismes sous-jacents et implications cliniques
Ce cas souligne le rôle dual de la TML dans la résolution de la dysbiose fongique et la modulation de l’axe microbiote-immunité. Les espèces Candida, notamment C. glabrata, prolifèrent chez les hôtes immunodéprimés, exacerbant la colite via des voies pro-inflammatoires (activation Th17). La TML a probablement réduit la charge fongique en restaurant une compétition microbienne bactérienne, atténuant ainsi l’inflammation. La synergie TML-ciclosporine met en lumière l’importance de combiner restauration microbienne et immunosuppression ciblée dans les cas réfractaires. L’effet rapide de la TML sur l’élimination fongique contraste avec l’action retardée du thalidomide (8–12 semaines), soulignant la nécessité d’approches thérapeutiques séquentielles.
Gestion des comorbidités et nuances thérapeutiques
La complexité du cas (insuffisance surrénale, ostéonécrose stéroïdienne, dysthyroïdie) contre-indiquait la réutilisation des corticostéroïdes. La ciclosporine, efficace rapidement et sûre dans les CU sévères, était un choix rationnel, antérieurement limité par l’infection fongique non contrôlée. La TML a permis de lever cette contrainte en éliminant le facteur infectieux, autorisant une réintroduction sûre de la ciclosporine. La nutrition entérale a également optimisé la cicatrisation muqueuse et la récupération microbienne, potentialisant les bénéfices de la TML.
Évolution de la FMT : de la méthodologie à la modulation du mycobiote
Les limites de la FMT traditionnelle (variabilité d’efficacité, risques infectieux) ont motivé le développement de la TML, améliorant la reproductibilité via l’élimination des débris fécaux et la concentration du microbiote viable. Ce cas s’inscrit dans les données émergentes liant FMT/TML à une restructuration des communautés fongiques, réduisant la colonisation à Candida et l’inflammation associée. Une étude de Leonardi et al. (2020) a également corrélé les modifications du mycobiote post-FMT à une amélioration de la colite, validant cette approche.
Conclusion
Ce rapport illustre le potentiel de la TML comme adjuvant sûr et efficace dans les infections fongiques récurrentes chez les patients immunodéprimés atteints de CU. En restaurant la diversité microbienne et en atténuant l’inflammation fongique, la TML crée une fenêtre thérapeutique permettant aux immunosuppresseurs d’induire une rémission durable. Des études futures devront explorer des protocoles ciblant spécifiquement le mycobiote et évaluer la TML dans des cohortes plus larges de patients présentant des comorbidités fongiques-MICI.
doi.org/10.1097/CM9.0000000000001212