Phénotypes à haut risque de maladie génétique dans une population de l’unité de soins intensifs néonatals
Les maladies génétiques contribuent de manière significative à la mortalité et à la morbidité infantiles, représentant 35 % des décès au cours de la première année de vie. Un diagnostic et une intervention précoces sont cruciaux, puisque plus de 25 % des nouveau-nés atteints de maladies génétiques peuvent être guéris s’ils sont identifiés rapidement. Cependant, le processus diagnostique reste long et coûteux, en particulier chez les nourrissons sans phénotypes typiques tels que des dysmorphies faciales ou des anomalies congénitales multiples (ACM). Cette étude vise à identifier les phénotypes à haut risque de maladie génétique dans une population d’une unité de soins intensifs néonatals (USIN) à l’aide d’un pipeline innovant, Auto-Neo-HPO, analysant les données des dossiers médicaux électroniques (DME).
Méthodes
L’étude a été menée dans une USIN tertiaire de l’Hôpital pour enfants de l’Université Fudan (Shanghai, Chine) du 1er juin 2016 au 30 juin 2020. Les critères d’inclusion incluaient des nouveau-nés d’âge postnatal <28 jours, d’âge gestationnel >35 semaines, hospitalisés ≥24 heures, et avec consentement éclairé des parents. Les nourrissons présentant des ACM ou des données cliniques incomplètes ont été exclus. Les données génomiques (séquençage de l’exome clinique) et cliniques (phénotypes, poids de naissance, évolution) ont été analysées.
Le pipeline Auto-Neo-HPO a été développé pour extraire et normaliser les observations cliniques des DME selon l’Ontologie des phénotypes humains (HPO). Il intègre une base de données sémantique bilingue (chinois-anglais) et un outil de traitement du langage naturel pour convertir les termes cliniques non standardisés en termes HPO. Deux généticiens et deux néonatologues ont validé manuellement les sorties. Les termes HPO ont été adaptés aux spécificités néonatales (p. ex., fusion des variantes de cardiopathies congénitales sous « morphologie cardiaque anormale », sauf canal artériel persistant).
Résultats
Sur 2 600 nouveau-nés inclus, 248 (9,5 %) avaient un diagnostic génétique confirmé. La population comprenait 1 554 garçons (59,8 %) et 1 046 filles (40,2 %). Parmi eux, 168 (6,5 %) sont décédés ou ont reçu des soins palliatifs, dont 33 (13,3 %) avec diagnostic génétique. Les phénotypes les plus fréquents étaient une morphologie cardiaque anormale (49,2 %), un ictère (47,3 %) et un sepsis (42,3 %).
Trois phénotypes présentaient un risque accru de maladie génétique :
- Hypotonie musculaire : rapport de cotes ajusté (OR) = 3,41 (IC 95 % : 2,24–5,18)
- Crises épileptiques : OR = 2,47 (1,50–4,06)
- Cryptorchidie : OR = 3,36 (1,73–6,52)
À l’inverse, l’ictère (OR = 0,57) et la méningite (OR = 0,17) étaient associés à un faible risque génétique. Les anomalies métaboliques isolées (p. ex., acidose lactique, hyperlipidémie) n’étaient pas significatives statistiquement, bien que cliniquement pertinentes.
Limites
- L’absence de gradation de sévérité des phénotypes dans HPO.
- Certains termes cliniques ont été regroupés sous des termes HPO parentaux (p. ex., hyperbilirubinémie → ictère).
- L’âge d’apparition des phénotypes n’a pas été analysé.
Conclusion
Auto-Neo-HPO a permis d’identifier des phénotypes prédictifs de maladies génétiques en USIN, notamment l’hypotonie, les crises épileptiques et la cryptorchidie. Ces résultats orientent vers un dépistage génétique ciblé, particulièrement dans les contextes à ressources limitées. Une intégration de la temporalité phénotypique et des marqueurs biochimiques améliorerait la stratification future.
doi.org/10.1097/CM9.0000000000001959