Le séquençage de nouvelle génération confirme le diagnostic d’infection isolée du système nerveux central à Talaromyces marneffei chez une patiente immunocompétente
Talaromyces marneffei (anciennement Penicillium marneffei), un champignon dimorphique thermique, a été identifié en 1956 chez un rat de bambou sauvage au Vietnam. Historiquement associé aux patients immunodéprimés, notamment ceux vivant avec le VIH, cet agent pathogène émerge désormais comme une cause rare mais mortelle d’infection chez les hôtes immunocompétents. Ce rapport de cas décrit les défis diagnostiques, l’évolution clinique et la prise en charge réussie d’une patiente immunocompétente de 33 ans, originaire de Guangdong (Chine), présentant une infection isolée du système nerveux central (SNC) à T. marneffei. Ce cas souligne le rôle essentiel du séquençage de nouvelle génération (NGS) dans l’identification des pathogènes furtifs et élargit le spectre géographique et clinique de cette infection fongique.
Présentation du cas
Une femme de 33 ans, sans antécédents médicaux, a consulté le 19 février 2018 pour des céphalées temporales bilatérales et des vertiges évoluant depuis quatre jours. Son état s’est rapidement aggravé : au 23 février, une vision trouble, des vomissements et une altération de la conscience sont apparus. Une ponction lombaire réalisée à l’admission a révélé une hypertension intracrânienne (240 mmH₂O) et un liquide cérébrospinal (LCS) montrant une pléiocytose (176 cellules/µL, à prédominance lymphocytaire), une hypoglycorachie (1,1 mmol/L ; normale : 2,8–4,5 mmol/L) et une hyperprotéinorachie (0,87 g/L ; normale : 0,15–0,45 g/L). L’imagerie par résonance magnétique (IRM) cérébrale avec contraste a mis en évidence une méningite diffuse et des hypersignaux en séquence T2 dans la substance blanche. Une méningoencéphalite tuberculeuse a été suspectée, conduisant à l’instauration d’un traitement antituberculeux empirique (isoniazide, rifampicine, pyrazinamide, éthambutol).
Malgré le traitement, son état s’est détérioré en une semaine, avec apparition de crises d’épilepsie récurrentes, d’une fièvre à 39°C et d’un score de Glasgow (GCS) à 5 (E1V1M3). Lors de son transfert à l’hôpital Nanfang, la pression intracrânienne atteignait 330 mmH₂O, avec un LCS toujours anormal : glucose 0,58 mmol/L, protéines normalisées et 150 cellules/µL. Une nouvelle IRM (Figure 1) a révélé des lésions multifocales dans les ganglions de la base, les régions périventriculaires et les lobes frontotemporaux, associées à des infarctus ischémiques aigus, une transformation hémorragique, une hydrocéphalie et une prise méningée. L’angiographie par résonance magnétique (ARM) a montré une vasculopathie intracrânienne avec rétrécissement luminal et irrégularités pariétales, évoquant une vascularite ou une compression œdémateuse.
Défis diagnostiques
Les examens biologiques ont éliminé les pathologies auto-immunes, le VIH, la syphilis et les pathogènes courants (herpès, cytomégalovirus, grippe, tuberculose, mycoplasme). Les biomarqueurs fongiques sériques (1,3-β-D-glucane, galactomannane) étaient négatifs. Le scanner thoracique a identifié des infiltrats pulmonaires bilatéraux, tandis que l’imagerie abdominale était normale. Les cultures conventionnelles (LCS, crachats, sang, moelle osseuse) sont restées stériles.
L’échec du traitement antituberculeux a fait suspecter une étiologie fongique ou atypique. Compte tenu de l’endémicité de T. marneffei dans le Sud de la Chine et du lieu de résidence de la patiente, le NGS a été utilisé en secours diagnostique.
Rôle du séquençage de nouvelle génération
L’analyse par NGS (Beijing Genome Institute) du LCS, préalablement traité avec des billes de verre (Sigma) pour optimiser l’extraction d’ADN fongique (kit TIANamp Micro DNA, Tiangen Biotech), a identifié 49 lectures spécifiques de T. marneffei, confirmant le diagnostic au septième jour d’hospitalisation. Un deuxième NGS un mois plus tard a détecté six lectures résiduelles, confirmant la persistance du pathogène sous traitement.
Prise en charge et évolution
Le traitement antituberculeux a été arrêté au profit du voriconazole (triazolé à large spectre). En trois semaines, les paramètres du LCS se sont normalisés : pression d’ouverture à 230 mmH₂O, glucose à 2,86 mmol/L et cellulorachie à 7 cellules/µL. Une amélioration neurologique progressive a suivi, avec un GCS remontant à 8 (E4VTM3) après 2,5 mois. La patiente a été transférée en rééducation avec une stabilisation clinique durable.
Discussion sur les infections à Talaromyces marneffei
T. marneffei infecte principalement les patients immunodéprimés, notamment ceux atteints de VIH en Asie du Sud-Est. Les formes disséminées impliquent habituellement le système réticuloendothélial, les poumons et la peau. L’atteinte isolée du SNC, comme observée ici, est exceptionnelle—seuls 5 % des patients non VIH présentent une implication neurologique. Ce cas représente la première infection isolée du SNC à T. marneffei documentée chez un hôte immunocompétent, élargissant le phénotype clinique de ce pathogène.
La transmission reste incertaine. Bien que l’exposition aux rats de bambou soit évoquée comme réservoir zoonotique, la patiente n’en avait aucun antécédent. L’inhalation de conidies environnementales, suivie d’une dissémination hématogène vers le SNC, est plausible. L’absence de lésions pulmonaires initiales suggère une dissémination rapide ou une résolution des foyers pulmonaires avant l’hospitalisation.
Implications cliniques
- Pièges diagnostiques : La mimésie entre la méningite tuberculeuse et l’infection à T. marneffei (méningite chronique, vascularite, atteinte des ganglions de la base) impose une suspicion accrue dans les zones endémiques. Les méthodes conventionnelles (cultures, sérologies) manquent de sensibilité pour les infections du SCN, nécessitant le recours au NGS.
- Rôle du NGS : Ce cas illustre l’utilité révolutionnaire du NGS pour identifier des pathogènes rares. Contrairement à la PCR ciblée, le NGS séquence tous les acides nucléiques d’un échantillon, permettant un diagnostic en 24 heures, crucial pour les infections culture-négatives.
- Stratégies thérapeutiques : Le succès du voriconazole s’explique par sa bonne pénétration cérébrale. L’introduction précoce des antifongiques, guidée par le NGS, a été déterminante.
Conclusion
L’incidence croissante des infections à T. marneffei hors zones endémiques et chez les immunocompétents exige une vigilance mondiale. Ce cas démontre le potentiel létal des atteintes du SNC et le rôle indispensable du NGS pour diagnostiquer les mycoses occultes. Les cliniciens doivent intégrer les outils moléculaires face à des présentations neurologiques atypiques, particulièrement dans les régions endémiques.
doi.org/10.1097/CM9.0000000000000593