Évolution du spectre pathogène des pneumonies communautaires chez les adultes hospitalisés dans la province du Fujian : une étude multicentrique rétrospective de 2012 à 2018
La pneumonie communautaire (PC) reste un fardeau important pour les ressources de santé dans le monde entier. Elle est définie comme une infection du parenchyme pulmonaire survenant en dehors du cadre hospitalier, y compris les cas où l’infection se manifeste après l’admission. Le spectre pathogène de la PC a évolué au fil du temps en raison de facteurs tels que l’utilisation généralisée d’antibiotiques à large spectre, le vieillissement de la population et l’émergence de nouveaux pathogènes. Cette étude visait à étudier les changements dans le spectre pathogène de la PC dans la province du Fujian, en Chine, de 2012 à 2018, et à analyser l’impact de l’âge et de la saison sur la distribution des pathogènes.
Conception de l’étude et méthodologie
Cette étude multicentrique rétrospective a été menée dans quatre hôpitaux de la province du Fujian : l’hôpital provincial du Fujian, l’hôpital municipal de Wuyishan, l’hôpital affilié à l’université de Putian et le premier hôpital de Sanming affilié à l’université médicale du Fujian. L’étude a inclus 791 patients adultes hospitalisés diagnostiqués avec une PC de mars 2012 à décembre 2018. Les patients étaient inclus s’ils avaient 18 ans ou plus, présentaient des symptômes respiratoires tels que fièvre, toux ou mal de gorge, et avaient des preuves radiographiques de pneumonie. Les patients atteints de maladies pulmonaires non infectieuses ont été exclus.
Des échantillons respiratoires, y compris le liquide de lavage bronchoalvéolaire (BALF) ou des expectorations profondes induites, ont été prélevés chez les patients dans les 48 heures suivant leur admission. Les échantillons étaient prélevés tous les deux jours, avec au moins deux échantillons consécutifs nécessaires pour l’analyse. Les échantillons ont été traités en utilisant la culture microbiologique, la détection immunologique et les tests d’acides nucléiques. Les pathogènes ont été identifiés en utilisant le système automatisé d’extraction d’acides nucléiques NucliSENS easyMAG et l’instrument de PCR quantitative en fluorescence Bio-Rad CFX96. L’étude s’est concentrée sur la détection du virus de la grippe A (Flu-A), du métapneumovirus humain (hMPV), du virus parainfluenza humain (hPIV), du virus respiratoire syncytial (RSV), de l’adénovirus (ADV), de Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae), de Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae), de Staphylococcus aureus (S. aureus), de Mycoplasma pneumoniae (M. pneumoniae) et de Chlamydia pneumoniae (C. pneumoniae).
Résultats
Sur les 791 patients, 66,2 % étaient des hommes, et l’âge moyen était de 64 ans. Des pathogènes ont été identifiés dans 62,3 % des cas. Les infections virales représentaient 32,2 % des cas, les infections bactériennes 39,2 % et les infections par des pathogènes atypiques 8,7 %. Le pathogène le plus fréquent était le Flu-A, détecté dans 20,5 % des cas, suivi de S. pneumoniae (12,8 %), K. pneumoniae (8,6 %), S. aureus (6,4 %) et C. pneumoniae (5,2 %). Des infections mixtes ont été observées dans 23,5 % des cas, avec S. aureus, C. pneumoniae, K. pneumoniae, S. pneumoniae et RSV co-infectant fréquemment avec d’autres pathogènes.
Une pneumonie communautaire sévère (PCS) a été diagnostiquée chez 7,7 % des patients, avec un ratio homme-femme de 4,5:1. La majorité des patients atteints de PCS avaient entre 65 et 79 ans. Les principaux pathogènes dans les cas de PCS étaient K. pneumoniae (21,3 %), Flu-A (19,7 %), S. pneumoniae (16,4 %) et S. aureus (9,8 %).
Variations saisonnières et régionales
Le taux de détection du Flu-A a culminé pendant l’hiver et le printemps. Alors que S. pneumoniae était détecté chaque année, sa prévalence a diminué de 2013 à 2017, tandis que K. pneumoniae a montré une tendance à la hausse. Le taux de détection des pathogènes atypiques a fluctué entre 7,2 % et 14,3 % au cours de la période d’étude.
Des différences régionales ont également été observées. Les taux de détection de Flu-A, K. pneumoniae, S. aureus et M. pneumoniae étaient plus élevés dans les zones non-Fuzhou par rapport à Fuzhou. De plus, M. pneumoniae était plus fréquemment détecté chez les patients âgés de 18 à 49 ans, tandis que l’ADV était plus courant chez les patients de moins de 65 ans.
Discussion
L’étude met en évidence des changements significatifs dans le spectre pathogène de la PC au cours de la dernière décennie. L’augmentation du taux de détection de K. pneumoniae dans les cas de PCS, dépassant S. pneumoniae, est une constatation notable. Ce changement peut être attribué au vieillissement de la population et à l’utilisation généralisée d’antibiotiques. L’étude souligne également l’importance des tests d’acides nucléiques pour améliorer la sensibilité de la détection des pathogènes par rapport aux méthodes traditionnelles.
Les résultats diffèrent des études précédentes menées en Chine et à l’étranger. Par exemple, des études antérieures en Chine ont rapporté un taux de détection plus élevé de pathogènes atypiques, tandis que des études en Europe et dans d’autres régions ont identifié S. pneumoniae comme le pathogène prédominant dans les cas de PCS. Ces divergences peuvent être dues à des différences régionales dans les politiques d’utilisation des antibiotiques et les caractéristiques démographiques de la population.
Limites
L’étude présente plusieurs limites. Premièrement, la dépendance aux tests PCR, bien que sensibles, peut entraîner des faux positifs. De plus, l’étude s’est concentrée sur seulement 10 pathogènes, omettant potentiellement d’autres pathogènes courants de la PC. Deuxièmement, l’absence de données sur la résistance aux antibiotiques et l’utilisation d’antibiotiques avant l’admission peut avoir influencé les résultats. Enfin, l’étude a été menée dans seulement quatre hôpitaux de la province du Fujian, ce qui peut limiter la généralisation des résultats. Les études futures devraient inclure plus de centres pour assurer une applicabilité plus large.
Conclusion
Cette étude fournit des informations précieuses sur l’évolution du spectre pathogène de la PC dans la province du Fujian. L’augmentation de la prévalence de K. pneumoniae dans les cas de PCS et la diminution du taux de détection de S. pneumoniae mettent en évidence la nécessité d’une surveillance continue et d’une adaptation des protocoles de traitement. Les résultats soulignent l’importance de prendre en compte les facteurs régionaux et démographiques dans le diagnostic et la gestion de la PC.
doi.org/10.1097/CM9.0000000000002250