Encyclopédie de la transplantation du microbiote fécal : une revue de son efficacité dans le traitement de 85 maladies
La transplantation du microbiote fécal (TMF) s’est imposée comme une approche thérapeutique révolutionnaire pour traiter les maladies liées à la dysbiose en remodelant le microbiote intestinal. Au cours de la dernière décennie, des avancées méthodologiques et technologiques majeures ont émergé, incluant le développement de la transplantation de microbiote lavé (TML), l’utilisation de tubes entériques transendoscopiques coliques (TET) pour l’administration du microbiote, et la purification de spores de Firmicutes à partir de matières fécales. Cette revue systématique évalue les applications cliniques de la TMF entre 2011 et 2021, couvrant son efficacité pour 85 pathologies, les innovations méthodologiques, les stratégies thérapeutiques et les perspectives réglementaires mondiales.
Contexte historique et évolution de la TMF
L’utilisation de la TMF remonte à des millénaires en Chine, où elle était employée contre des affections graves comme les intoxications alimentaires et les fièvres. L’ère moderne de la TMF débute en 1958, lorsque Eiseman et al. rapportent son efficacité contre l’entérocolite pseudomembraneuse. L’identification de l’infection à Clostridioides difficile (ICD) comme cause principale de cette entérocolite a relancé l’intérêt pour la TMF dans les ICD récurrentes. Ces dernières années, son utilisation s’est étendue à des pathologies extra-intestinales telles que la colite ulcéreuse (CU), la maladie de Crohn (MC), l’épilepsie, l’autisme et les infections urinaires récurrentes (IUR).
Méthodologie de la TMF
Sélection des donneurs
Le choix du donneur est crucial pour le succès de la TMF. Les donneurs peuvent être allogéniques (d’un individu sain) ou autologues (auto-prélèvement). Les donneurs allogéniques sont majoritairement utilisés pour répondre à la demande clinique. Le processus de sélection inclut un questionnaire médical, un entretien en face-à-face, des tests biologiques et un suivi régulier. Durant la pandémie de COVID-19, des recommandations spécifiques ont été établies pour minimiser le risque de transmission virale.
Préparation du microbiote fécal
Deux méthodes principales coexistent : la TMF manuelle et la TML. La TML, développée en 2014 et largement adoptée en Chine, utilise une microfiltration automatisée (appareil GenFMTer) suivie de centrifugations et lavages répétés pour améliorer la sécurité et la reproductibilité.
Voies d’administration
La TMF peut être administrée par voie haute (gastroscopie, gélules), moyenne (endoscopie, sonde nasojéjunale, TET, stomie) ou basse (coloscopie, lavement, TET colique). La TET colique présente le taux le plus faible d’effets indésirables liés à l’administration.
Applications cliniques de la TMF
TMF et infections
La TMF est particulièrement efficace contre les ICD récurrentes, avec plus de 10 000 patients traités mondialement. Un essai randomisé contrôlé (ERC) de 2013 a confirmé sa supériorité face à la vancomycine. Elle est également utilisée contre les bactéries multirésistantes (BMR), les IUR, les diarrhées associées aux antibiotiques (DAA), les infections à Helicobacter pylori, les hépatites virales (B, COVID-19) et les mycoses récurrentes (ex. Candida glabrata).
TMF et pathologies digestives
Plus de 1 000 patients atteints de CU et 100 de MC ont bénéficié de la TMF, avec induction de rémissions cliniques, endoscopiques et histologiques. Son efficacité s’étend au syndrome de l’intestin irritable (SII), la constipation, la pouchite, la gastroentérite à éosinophiles, et les colites microscopiques ou collagène.
TMF et axe microbiote-intestin-foie
La TMF améliore l’encéphalopathie hépatique (réduction du score de West Haven), l’hépatite alcoolique sévère (baisse de la bilirubine et des scores CTP/MELD), la stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) et la cirrhose (diminution des cytokines pro-inflammatoires).
TMF et axe microbiote-intestin-cerveau
Des améliorations comportementales significatives sont observées dans les troubles du spectre autistique (TSA) et la maladie de Parkinson (réduction des symptômes moteurs et de la constipation). La TMF est également étudiée dans la dépression, l’anxiété, l’épilepsie et la sclérose en plaques.
TMF et maladies métaboliques
La TMF améliore le contrôle glycémique dans le diabète, réduit l’IMC dans l’obésité, et module l’acide urique dans la goutte. Elle corrige également la triméthylaminurie.
TMF et oncologie
En oncologie, la TMF potentialise l’immunothérapie anti-PD-1 dans le mélanome, traite les entérites radiques réfractaires et les colites induites par les inhibiteurs de checkpoint.
TMF et hématologie
Des rémissions sont rapportées dans la maladie du greffon contre l’hôte (GVHD) et la thrombopénie immunitaire (PTI).
TMF et autres pathologies
Efficacité démontrée dans les dermatoses (alopécie, dermatite atopique), les néphropathies (IgA, insuffisance rénale chronique), les maladies auto-immunes (sclérodermie, polyarthrite rhumatoïde) et les troubles pulmonaires ou ophtalmologiques.
Stratégies thérapeutiques
La stratégie « step-up » (TMF unique → multiples → combinaison avec traitements conventionnels) est privilégiée pour les CU corticodépendantes. Les TMF séquentielles avec antibiotiques améliorent le pronostic des ICD sévères.
Réglementation mondiale
Le statut réglementaire de la TMF varie : médicament biologique (États-Unis), produit thérapeutique (Europe), ou acte médical (Chine). L’harmonisation des bonnes pratiques de fabrication (BPF) faciliterait son adoption internationale.
Perspectives
Les innovations technologiques (TML, spores de Firmicutes) et les études contrôlées sur les maladies inflammatoires chroniques ouvrent la voie à une intégration accrue de la TMF en pratique clinique.
Conclusion
Cette revue souligne le potentiel de la TMF pour 85 maladies, avec une explosion des publications ces 10 dernières années. Malgré les besoins en standardisation et en recherches complémentaires, les progrès méthodologiques positionnent la TMF comme un pilier des thérapies ciblant la dysbiose.
doi.org/10.1097/CM9.0000000000002339